内设股室一共九个股室:办公室、人事股、规划财务信息股、疾病预防控制股(职业健康股)、医政医管股(行政事项服务股、中医股)、综合监督股(药政股)、基层卫生与妇幼健康股、人口监测与家庭发展股(老龄健康股)、党的建设工作办公室。