（一）办公室（法制宣教督查室、财务稽查室）。负责机关政务综合协调和督办；负责文电、会务、机要、档案、信息、安全、保密、计生、政务公开、综合治理、机关后勤等工作；承担全县环境保护责任目标管理工作；负责机关和直属单位党群、人事和机构编制管理工作；负责本单位的评先、表彰工作；负责目标督查、考核工作；组织实施全县环境保护宣传教育工作；组织开展环境保护政策调查研究，组织拟订全县环境保护政策和规范性文件；组织开展环境保护执法检查；指导和监督环境保护依法行政；负责环境保护行政处罚；指导、协调全县环境保护法制建设；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；组织环境保护行政复议、应诉工作。负责全县排污费、罚款的稽查管理工作；负责机关和直属单位财务、国有资产管理、政府采购、内部审计工作。
        （二）行政事项服务办公室。负责统一受理（办理）送达行政许可事项；负责审核受理材料，催办督办有关行政事项办理进度，协调有关股室及部门处理许可事项报批过程中的有关问题。
        （三）污染防治股（总量减排办公室）。拟订全县水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等污染防治管理制度并组织实施；组织拟订全县环境保护中长期规划，拟订全县环境保护年度计划；参与全县经济和社会发展中长期规划和重大经济开发计划环境影响评价工作；审核全县总体规划中的环境保护内容；组织拟订全县有关污染防治规划并对实施情况进行监督。编制限期治理规划和年度计划并负责实施；负责城市环境综合整治定量考核制度的实施；组织对全县限期治理项目实施方案审查、现场督查和竣工验收；负责办理排污许可证，负责污染集中控制和总量控制制度的具体实施；对违反环境保护法律、法规、规章等有关污染防治规定的行为，依法实施调查取证，并提出初步意见；参与环境污染纠纷的协调和重大污染事故的调查处理。负责研究提出有关总量控制的对策措施，建立重点污染源排放台帐；负责考核全县总量控制目标责任书的落实情况和化学需氧量、二氧化硫的削减量，检查与总量削减有关的治理项目建设进度和运营情况；负责污染物总量控制领导小组交办的其他工作。
        （四）科技生态股。拟订全县自然生态保护规划并监督实施；提出新建和调整地方级自然保护区、生态功能保护区审批建议；指导、协调、监督全县自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；组织开展生物多样性保护、农村生态环境保护工作；指导全县生态村、生态乡镇及生态农业建设；协调和监督生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化（黄河滩）防治工作；指导农村土壤污染、畜禽和水产养殖污染防治工作；组织拟订全县环境保护科技政策；负责编制环境保护科技发展规划。
        （五）环境应急办公室（信访投诉中心）。负责全县辐射安全的监督管理。实施国家、省、市有关政策、规划、标准，承担全县辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全，监督管理电磁辐射污染防治；贯彻落实有关危险废物和放射源安全管理的法律、法规和技术标准；负责危险废物和放射性废物安全处置的监督管理工作；负责受理并督促办理群众来电来信来访、“12369”热线举报、领导批示件、转办件，负责信访接待、服务及稳定工作。